Sejarah Jabatan Perikanan telah melalui beberapa fasa penubuhan apabila kerajaan British mula menubuhkan Unit Perikanan Kolonil pada tahun 1894 dan diletakkan di bawah Pejabat Setiausaha Rendah Bagi Negeri-Negeri Selatan. Seterusnya ia melalui fasa selepas perang dunia kedua dan kemerdekaan, kemudian penambahbaikan dilakukan melalui Dasar Ekonomi Baru sehingga kini.